Até o século XVII, Guapimirim era habitada pelos índios timbiras que, com a chegada dos portugueses, subiram a serra e descobriram o Rio Guapi-Mirim. Nossa Senhora DAjuda de Aguapei Mirim foi seu primeiro nome, quando fundada em 1674. Era agem obrigatória para quem se dirigisse à Serra dos Órgãos.

A história de Guapimirim está relacionada com a de Magé, município do qual se emancipou.

Em 1926, foi construída a Estação Ferroviária de Guapimirim e, a partir dela, as primeiras construções urbanas. Atualmente esta estrada de ferro liga Guapimirim, Magé e Gramacho.

Formação istrativa 683417

Distrito criado com a denominação de Guapimirim, por Alvará, de 11-01-1755, tendo confirmada a sua criação pelos Decretos n.º 1, de 08-05-1892, e n.º 1-A, de 03-06-1892, subordinado ao município de Magé.

Em divisões istrativas referentes ao ano de 1911, o distrito de Guapimirim figura no município de Magé.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Guapimirim permanece no município de Magé. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 18-VIII-1988.

Elevado à categoria de município, com denominação Guapimirim, pela Lei Estadual n.º 1.772, de 21-12-1990, sendo desmembrado do município de Magé. Sede no antigo distrito de Guapimirim. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.

Em divisão territorial datada de 15-VII-1995 o município é constituído de distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.