Até o início do século XVII, o município de Capão do Cipó era habitado por índios guaranis. Quando dos grandes descobrimentos marítimos, coube a nós riograndenses o destino de pertencer à Espanha, pois assim determinava o Tratado de Tordesilhas. Posteriormente a esse período ocorreu a união das coroas portuguesa e espanhola, justificando assim a origem da população, formada por portugueses e espanhóis.

No ano de 1885, instala-se em Santiago o Conselho de Jurados. Conta-se que nessa época foi enviado para proceder diligências nesta localidade um serventuário da justiça, tendo o mesmo escolhido para descanso um local onde havia muitas árvores e dos quais pendiam grande quantidades de cipós.

Ao fazer seu relatório de viagem, denominou em suas anotações o local onde descansava como Capão do Cipó. A correspondência chegando ao seu destino popularizou o nome. O local citado por este serventuário é o mesmo onde hoje está situada uma indústria de móveis.

Hoje em Capão do Cipó há uma miscigenação de índios, negros e imigrantes europeus, e conta hoje com quatro assentamentos rurais.

O município foi criado através da Lei Estadual nº 10.742, de 16 de abril de 1996, publicado no Diário Oficial de 17 de abril, data em que é comemorado o seu aniversário.

O município conta com o local histórico denominado "Capão da Batalha", na localidade de Carovi, o qual foi palco de uma das maiores batalhas da Revolução Federalista de 1893, no dia 10 de agosto de 1894, na qual foi ferido de morte o destemido General Gumercindo Saraiva, considerado o maior estrategista da época. Ele combateu durante 14 meses e 13 dias à frente de mais de 4000 homens.